河海大学工程力学系、所的形成与发展经历了三个阶段：
一.创建期（1958-1966）
      1958年，在著名的力学家、教育家徐芝纶院士倡导下，华东水利学院（河海大学前身）创建了工程力学系，并于1959年正式开办工程力学专业，先从相近专业抽调一批优秀学生组办力学师资班和本科班，随后于60年开始在全国招收本科生和硕士生。 这个时期内，工程力学系围绕工程力学和固体力学组建了学科梯队，开展了学科的基本建设，结合水利工程承担科研任务，组织学术活动，逐渐形成应用于水工结构分析，颇具自身特色的若干研究方向，其中以基础梁板的研究成果最为突出，在这个期间，发表了一批颇具影响的学术著作，教材和论文，直接为水利工程提供一批颇有价值的科研成果，在我国力学界和水利工程界树立了良好的形象，也因此在1961年江苏省力学学会成立时，我校被推举为理事长单位，一直延续至今。
二.成熟和发展期（1970-1998）
      二十世纪70年代初，徐芝纶院士领头的有限元科研组的成立，对有限元的引入，完善，发展和应用作出了开拓性的贡献，出版了国内第一批有限元书，举办五届有限元进修班，在本科和研究生中首开有限元课，研制国内首批有限元软件，为水利工程结构设计提供第一批有限元科研成果，当时被誉为我国培养有限元人材的摇篮和有限元科研基地之一。
      有限元的研究和应用使本系在非线性动力场问题、热应力、板壳、优化和可靠度等诸方面数值分析有了长足的进步，确定了具有坚固基础和充实内容的研究方向，其中结构可靠度和非线性研究成果为当时是国内首批开拓，颇受国人注目。
      1981年我国实行首批具有学位授权单位申报制度时，从我校整体出发，以徐芝纶院士领衔的有本学科主干力量参加的学科群梯队申报了水工结构博士点，并获得批准，从此，本学科的发展就更紧密结合水工结构工程开展跨学科的交叉研究，培养了一大批博士，获得了一批新成果。随之本系分别于1984年和1986年获批设立了固体力学和结构力学硕士点，到1988年国家教委进行学科点检查评估时，这二个点双双被评为A级。本学科与相邻学科组建的防灾和减灾工程1995年被批为硕士点。1996年本系工程力学学科本评为水利部重点学科，在原有工程力学系的基础上，1996年水利部挂牌成立了工程力学研究所。
      在这个期间，国家计委设立了“六•五”、“七•五”、“八•五”和“九•五”国家科技攻关项目，国家教委开展了“211工程”建设。本系均被选为参加和建设单位，增强了科研实力，出了一批高水平成果，更新了实验设施和手段，为国民经济和教育的发展作出了贡献。因此，结构力学学科和工程力学实验室被水利部评为重点，本系理论力学、结构力学和弹性力学有限元被评为省一类优秀课程，材料力学为省二类优秀课程，以本学科为主组建的系列力学课程，1996年度被教育部列为力学教学基地，以本学科为主组建的力学实验中心被江苏省评为省重点实验中心，此外，本系研究成果多次获得各级科技进步奖，其中含有国家级特等，一、二和三等奖，还有一人在1984年获首批国家级有突出贡献专家称号。
三.博士点和省重点学科的建立和持续发展（1998-）
      1998年本系申报的工程力学博士点被国务院学位委员会评定通过，本系从此开始更加重视基础理论和工程应用的研究，并往深广方向发展，其中具有新意的有不连续介质非线性问题，工程随机力学、现代设计理论与方法、高性能计算及智能计算等。在学科梯队建设方面通过培养和引进后逐步得到优化，2000年系工程力学学科梯队和学科主任获江苏省优秀学科梯队和优秀学科带头人。2002年初，本系工程力学学科被评为江苏省重点学科。本系以继承、开拓以及加强基础研究为出发点，积极进行省重点学科的规划和建设工作。2003年8月力学博士后科研流动站申报成功。
      1996年由教育部批准立项建设的全国六个工科力学教学基地之一，2004年被评为全国优秀力学教学基地。2006年工程力学专业被评为江苏省品牌专业。